Bio-infoer的入门修炼手册（从入门到入土）

分享一些常用的网站以及工具 1、常用网站 Uniprot: 最大的蛋白质序列注释数据库，包含蛋白质的序列、功能以及结构信息。https://www.uniprot.org/ M-CSA:酶催化数据库，包括酶的催化位点，催化机理，结合位点等等信息，算是比较全面的关于酶促反应的数据库。https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/m-csa/ PubChem:化合物和小分子数据库.https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ ChemSpider:化合物和小分子.https://www.chemspider.com/Default.aspx BRENDA:酶信息数据库，动力学参数值， 反应条件， 突变体等等。https://www.brenda-enzymes.org/ SABIO-RK:反应动力学数据库。http://sabio.h-its.org/ PDB:蛋白质和小分子结构数据库。https://www.rcsb.org/ AlphaFold Database: 使用AlphaFold2对蛋白质序列进行大规模预测后形成的数据库，可以在没有 ...

之前连接远程服务器的时候一直使用的方案是本地浏览器远程连接Jupyter Notebook，用了接近一年的时间感觉还行，但是文件目录不清晰，一旦需要研究大型项目就需要打开多个页面很不方便，想一想还是得需要专门的编辑软件。捣鼓了一下决定使用Vscode + Jupyter Notebook。现在记录一下配置过程。 1.安装必要的插件1.1 Remote-SSH在插件市场搜索Remote-SSH，直接安装即可 1.2 Jupyter一样的操作，搜索安装即可 2.连接远程服务器首先你得在你的远程服务器上开启Jupyter服务，让它一直挂在后台即可。打开vscode, 点击侧边栏远程连接的标识（下图一），点击上边的‘+’号创建新的连接（下图二）并在弹出的输入框里(下图三)使用ssh命令连接(如 ssh username@ip)然后会提醒了输入服务器的登录密码，登录成功后点击”Open Folder”选择你的工作目录（下图1），选择完成后点击ok（下图2） 3.选择python解释器3.1 py文件的解释器选择快捷键 ctrl+shift+p 输入 “Select Interpreter” 选择 ...

蛋白分子对接对于解析蛋白质-底物的作用机理必不可少，今天看了一天的AutoDock文档大概弄清楚怎么个使用流程了，现在记录一下。（后边不定期更新） 1、什么是AutoDock先贴一段官网的描述： AutoDock is a suite of automated docking tools. It is designed to predict how small molecules, such as substrates or drug candidates, bind to a receptor of known 3D structure. Over the years, it has been modified and improved to add new functionalities, and multiple engines have been developed. Current distributions of AutoDock consist of two generations of software: AutoDock 4 and AutoDock Vina ...

零基础小白从零开始搭建属于自己的个人博客 1、环境搭建Hexo 基于 Node.js，搭建过程中还需要使用 npm（Node.js 已带） 和 git，因此先准备好环境依赖，安装 Node.js 和 Git。 Node.js下载 Git下载 上面两个链接点击进去按照要求下载下来直接安装就好了 2、和github连接我们使用github免费的静态托管仓库让我们的博客可以让其他人进行访问首先打开git bash设置用户名和邮箱 git config --global user.name "你的用户名", git config --global user.email "你的邮箱" 创建SSH连接的密钥win+r输入cmd打开终端，输入ssh-keygen -t rsa -C “你的邮箱”,接着一路回车确认就行，生成的地址就在C:\Users\用户名\.ssh文件夹下连接github使用你的邮箱注册Github账号，找到Settings页面如下：点击上图中的 New SSH key 添加密钥，title随便填，将C:\Users\用户名\.ss ...