资源贴

分享一些常用的网站以及工具

1、常用网站

• Uniprot: 最大的蛋白质序列注释数据库，包含蛋白质的序列、功能以及结构信息。https://www.uniprot.org/
• M-CSA:酶催化数据库，包括酶的催化位点，催化机理，结合位点等等信息，算是比较全面的关于酶促反应的数据库。https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/m-csa/
• PubChem:化合物和小分子数据库.https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
• ChemSpider:化合物和小分子.https://www.chemspider.com/Default.aspx
• BRENDA:酶信息数据库，动力学参数值， 反应条件， 突变体等等。https://www.brenda-enzymes.org/
• SABIO-RK:反应动力学数据库。http://sabio.h-its.org/
• PDB:蛋白质和小分子结构数据库。https://www.rcsb.org/
• AlphaFold Database: 使用AlphaFold2对蛋白质序列进行大规模预测后形成的数据库，可以在没有实验解析蛋白质结构数据的时候进行补充。https://alphafold.com/

2、常用工具

• 预测蛋白质结构：点击链接跳转

• 预测酶的动力学参数值（kcat. km）：点击链接跳转

• Pymol: 蛋白质结构，小分子结构可视化以及操作软件。https://pymol.org/

3.Linux服务器常用命令

• nvidia-smi: 查看显卡资源使用情况
• screen: 后台窗口的建立、删除、管理
  • screen -S name: 创建一个名为name的窗口
  • screen -ls : 查看已经存在的窗口
  • screen -r name :进入name窗口
  • ctrl + a + d: 退出当前窗口
  • ctrl + d: 关闭当前窗口
• top: 查看后台进程
  • top -> 1 逻辑核占用
• conda : python环境管理
  • conda create -n env_name python=3.x: 创建名为env_name, python环境为3.x的环境
  • conda activate env_name: 进入env_name环境
  • conda deactivate env_name: 推出env_name环境